Chenopodium berlandieri ssp nuttalliae es un cultivo de traspatio, con alto valor nutricional para la población de bajos ingresos. Este estudio se realizó en municipios del Estado de México, a través de colectas que exhiben variabilidad morfológica y pueden presentar también variabilidad genética detectable mediante el uso de marcadores moleculares del tipo microsatélites (SSR) desarrollados para Chenopodium, ya que su cultivo tradicional y el intercambio entre comunidades ha permitido la conservación del valioso germoplasma de generación en generación. Para la extracción de ADN se utilizó la técnica descrita por Dellaporta en 1993; para el estudio de poblaciones de huauzontle, se usaron 21 iniciadores desarrollados por Mason et al. (2005), los cuales amplifican regiones del ADN conocidas como microsatélites (secuencias repetitivas simples o SSR) y 38 colectas de huauzontle, provenientes de Estado de México, que generaron un total de 80 loci de los cuales 79 fueron polimórficos. El análisis de marcadores moleculares SSR agrupó a las colectas de huauzontles en seis grupos a una distancia de 0.619. Los resultados mostraron que los marcadores SSR, son una herramienta útil para la discriminación rigurosa de genotipos de huauzontle. Estas relaciones genéticas entre los híbridos fueron confirmadas con el análisis de coordenadas principales.

Palabras claves: Reacción en cadena de la polimerasa (PCR), biología molecular, diversidad genética, iniciadores, dendrograma.